西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。  　　最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙戦艦へと改造中だったヤマトに波動エンジンが搭載され、目的が地球脱出から放射能除去装置・コスモクリーナーDの受け取りに変わる。  　　14万8千光年の彼方、大マゼラン星雲のイスカンダル星に向け、1年以内に帰還しなければ人類滅亡という状況下、宇宙戦艦ヤマトは人類最後の希望を託されて発進する。  　　ヤマトはガミラス帝国と戦い、未知の宇宙空間における障害を乗り越えながら、イスカンダル星を目指して行く。

时为公元2202年。  　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。  　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，  　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。  　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。  　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。  　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？  　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。  　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。

西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。

在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。  　　宇宙历0156年，地球联邦政府经历了与祖母星格兰地玛斯有史以来的第四次接触（4th note），也正是从这一年开始，联邦政府与【梅杜斯子民】之间的对抗正式拉开帷幕。  　　战争永无止境，牺牲不断增加……  　　为了打开战局，联邦政府派出一名英姿飒爽的青年加入战局。年轻人名叫斯巴鲁•一之濑，不仅长相帅气、成绩优异，而且是宇宙战舰【提拉米斯】的王牌驾驶员。  　　全人类的希望都寄托在他的身上。  　　——然而，他实际上是个难以融入提拉米斯舰内集体生活，整日将自己关在专用机“杜兰德尔”驾驶舱内的“窝里蹲”……

联合地球历192年，来自外太空的神秘生物入侵地球，它们大肆破坏，屠杀人类，地球变成一片火海，人类文明危在旦夕。  　　某天，外宇宙开发基地发现并拯救了一名从空中坠落的男子，从该男子口中，他们得知外星入侵者名叫“拉达姆”，但关于外星人的动机和该男子的来历却一概不知。不久后，人们发现这个男人竟拥有和入侵者对抗的强大实力，而他变身成为的宇宙骑士却和“拉达姆”的凶残战士们何其相似！  　　代号狄波威（D-Boy）的神秘男子，他究竟是什么人？救世主？抑或终结者？

影片发生在1905年，一艘名为波将金号的战舰上，原本这是一艘沙皇海军的骄傲，可是因为连续数月的伙食太差，导致了一场哗变。沙皇海军波将金号战舰上，水兵的生活环境非常差，受着非人的待遇。一连数月，水兵的伙食很差，供应的牛肉甚至长满了蛆，引起了战舰上水兵们的极度不满。部分水兵策动起义，却受到了军官的镇压。指挥官下令枪杀叛乱者，但是由于起义之火在众人心中燃烧。行刑队拒绝开枪，起义者们拿起武器将军官丢入大海。波将金号被起义者们夺取，并驶入敖德萨石阶进行补给。敖德萨的群众对水兵们的遭遇非常同情，义愤填膺，纷纷声援起义的水兵。而群众的声援却遭致沙皇军队的镇压，一场血腥的屠杀就此展开……

在远古的时代，宇宙中存在着分别代表光明与黑暗的两个文明，正如光与影永远是相互矛盾的，两个文明也长年处于战争之中，代表黑暗的文明为了取得胜利，就制造了一种高科技的战舰，这种战舰拥有超强的作战能力及穿越时空的能力，而且，还拥有自己的思想。然而，这种战舰却会把驾驶者作为自己的食粮，以此来增强自己的力量。这种黑色的战舰就像魔鬼一样，会把敌人彻底毁灭，但同时也会吞噬驾驶员的生命。而在同一时间，为了对抗敌人的黑色战舰，代表光明的文明也创造了一艘白色战舰与黑色战舰抗衡。后来，两个文明都原因不明地消失了，而那些战舰却依然存在在宇宙的某个角落里，新时代的人为他们起了个名字——遗失之舰（LostShips）  　　故事发生的世界，是设定为Slayers中所称的“异世界”。故事重心围绕在“遗失之舰——飞天一号”上。而统治这个世界的魔王正是在中被消灭的异界魔王——黑暗之星。  　　由于将精神力变换为能量的“精神物理学”的发达，产生了超越光速技术的遥远未来。主人公凯恩在这个世界里解决着发生的各种各样的事故，这种工作称之为“TROUBLE CONTRACTOR”(麻烦终结者，简称T.C）。  　　凯恩（kane）的伙伴是加娜（Canal），表面上是人类，实际上是飞天一号的主电脑的立体投射映像。性格很可怕的，凯恩（kane）因为惹她生气而被扔出宇宙船（在宇宙中啊……生命啊）作为报复。  　　另一个伙伴是想成为“宇宙第一”的米丽（米Mill），原来米丽（mill）是个侦探，因为凯恩（kane）的关系被解雇，也成为了T.C。米丽（mill）的枪法和料理都非常好……就是料理的时候厨房会遭殃……

【内容介绍】  　　0088年6月6日，新吉恩军向地球空降先遣部队，经两个月时间的活动，于8月1日正式开始对地球进攻。8月29日，新吉恩占领达卡尔，并将大量旧公国军及提坦斯残党收编。此后一发不可收拾，10月31日，新吉恩实施卫星坠落战术，终于迫使联邦于11月24日同意将殖民卫星群SIDE3让给新吉恩，以此作为吉恩从地球撤兵的条件。然而，哈曼的文治武略无法令所有追随者认同。新吉恩旗下的年轻军官格雷米，在独自振兴吉恩信念驱使下于圣诞节反叛哈曼，率部从阿克西斯独立出来。在这一系列重大变动造成的复杂局面中，代表联邦而战的军事组织奥古，在以布莱德为首的领导层指挥下，持续着艰苦卓绝的斗争。成为这一时期奥古主力的战士，是以名叫捷多·亚西塔的少年为首的一群来自殖民卫星的孩子，而捷多的座机，正是当年阿纳海姆社以卡繆为中心所进行开发的Z计划最后的作品枣可变型机动战士MSZ-010高达ZZ，捷多的恋人露·鲁卡则搭乘Z高达，其余同伴亦分别乘坐高达MK Ⅱ等机种。  　　与阿姆罗、卡繆一样，捷多也是一样强大的NEW TYPE，然而似乎也正因如此，同样难逃悲剧性事件的围绕：在战场上接触到的新吉恩NEW TYPE少女璞露，以及璞露的克隆体璞露2（读作璞露茨），与捷多产生共鸣并消除敌意，但却又随之先后为保护捷多而丧生……  　　在露的鼓励下，捷多终于从沮丧中摆脱出来，同时，露亦创下击毙新吉恩叛军首领格雷米的战绩。终于，在0089年1月17日，以奥古为核心的联邦军，向阿克西斯发动了最后的进攻。战斗如火如荼地展开了，为各自所相信的理想、信念而争个不休，同时进行着对决的捷多与哈曼，在一轮恶斗后，以哈曼·卡恩之死迎来了这场动乱的结束。随着和平的曙光再次降临，捷多与露一起踏上了前往木星的旅途。对他们而言，出生入死的人生经历已经结束，新的生活正在前方招手。然而对于宇宙间多数平民百姓，真正的和平什么时候才能到来呢？